Sau khi Sở Địa chất Đông Dương thành lập năm 1898, hai nhà địa chất Pháp là Honoré Lantenois và Henri Mansuy được giao xây dựng Bảo tàng Địa chất. Bảo tàng được xây trong khuôn viên của Sở và hoàn thành năm 1914.
Năm 1954 đất nước chia cắt, Sở Địa chất Đông Dương được coi là di dời vào Sài Gòn. năm 1973 thì các mẫu vật được chuyển theo. Các mẫu được giao cho Nha Tài nguyên Khoáng sản thuộc Bộ Kinh tế Việt Nam Cộng hòa, và Bảo tàng Địa chất đặt ở số 31 Hàn Thuyên. Năm 1970 nhà trưng bày được xây mới ở số 2 Nguyễn Bỉnh Khiêm, cạnh Thảo Cầm Viên. Năm 1975 chiến tranh kết thúc, quản lý Bảo tàng Địa chất này được giao cho Liên Đoàn Bản đồ Địa chất miền Nam, một đơn vị thành viên của Tổng cục Địa chất Việt Nam Dân Chủ Cộng Hòa.
Bảo tàng Địa chất là nơi lưu giữ các mẫu vật địa chất - khoáng sản. Bảo tàng chuyên ngành này lưu giữ và trưng bày hơn 20.000 mẫu đá, các lõi khoan, 50 sưu tập mẫu cổ sinh vật, nhiều sưu tập mẫu khoáng sản của các mỏ điển hình của Việt Nam cùng nhiều sưu tập mẫu khoáng vật của các nơi trên thế giới.
Nguồn: Gody