Chùa Khánh Vân nằm trong một khuôn viên rộng lớn. Chùa nhìn hướng Nam, được xây dựng theo phong cách kiến trúc truyền thống, bao gồm Nghi môn chùa, Tháp chuông, Đài phật, Tòa Tam bảo, Nhà thờ Tổ, nhà Mẫu và các nhà phụ trợ. Chúa Khánh Vân là ngôi chùa có kiến chúc độc đáo, ngoại thất được đắp nề trang trí theo chủ đề Tứ linh, tứ quý. Các bộ vì kèo trong chùa được trang trí bằng các mảng chạm khắc Tứ linh, tứ quý. Nội thất của chùa được trang hoàng bằng các bức cửa võng, hoành phi, câu đối được chạm trổ tinh vi, sơn son thếp vàng lộng lẫy.