Bảo tàng Khánh Hòa được xây dựng theo Quyết định số 1329/UB-TC ngày 13/06/1979 của chủ tịch Phú Khánh cũ. Vì vậy, nơi này trước đây còn được biết tới với tên gọi là bảo tàng tỉnh Phú Khánh. Nơi đây là một ngôi nhà cổ mang kiến trúc Pháp được xây dựng từ những năm đầu của thế kỷ XX. Kết cấu khu nhà gồm hai tầng với lối đi riêng được thiết kế ngay bên trong.
Bảo tàng Khánh Hòa không chỉ thu hút du khách bởi những hiện vật lịch sử chân thực mà còn bởi những nét đẹp văn hoá vô cùng giá trị. Bảo tàng Khánh Hòa là một trong những bảo tàng Nha Trang hiếm hoi còn lưu giữ được những báu vật quý giá từ xa xưa của dân tộc Việt Nam, hiện đang lưu giữ hơn 10.000 hiện vật gốc cùng hơn 5.000 hình ảnh, tư liệu tái hiện nền văn hoá, lịch sử của dân tộc theo từng mốc thời gian khác nhau.
Có thể nói, viện bảo tàng ở Nha Trang này chính là điểm đến lý tưởng mà du khách nhất định phải ghé qua nếu muốn khám phá nét văn hóa đặc trưng cổ của dân tộc qua từng giai đoạn một cách chân thực nhất. Bảo tàng Khánh Hòa gồm có khu trung tâm và hai phòng trưng bày với tổng diện tích trên 200m², trưng bày những hiện vật theo chủ đề khác nhau:

• Bước vào bảng tàng Khánh Hòa sẽ được chiêm ngưỡng bia Võ Cạnh, là tấm bia được tìm thấy ở xã Vĩnh Trung, Nha Trang, được làm bằng đá có viết chữ Phạn thuộc niên đại thế kỷ thứ II sau Công Nguyên. Khu vực chính bảo tàng trưng bày bia đá Cam Thịnh Đông tìm thấy tại thị xã Cam Ranh. Di chuyển tiếp vào bên trong là bộ đàn đá độc đáo Khánh Sơn, đây là loại nhạc cụ cổ xưa nhất của loài người với niên đại lên tới 5.000 năm và đã từng biến mất. Bộ đàn này được tìm thấy ở vùng núi Khánh Sơn – là nơi sinh sống của đồng bào Raglai.
• Phòng trưng bày số 1 tại bảo tàng Khánh Hòa là nơi lưu giữ những nét đặc sắc về kiến trúc, di vật truyền thống của người Chăm ở Ninh Thuận. Đó là những viên gạch xốp, nhẹ hàng ngàn năm tuổi. Điểm đặc biệt của những viên gạch này là dù trải qua bao năm tháng nhưng chúng vẫn giữ nguyên được sắc đỏ đẹp trường tồn cùng với thời gian và không bị rong rêu bao phủ.
• Phòng trưng bày số 2 mang lại cho du khách một cảm giác thân thuộc, gần gũi với đời sống của con người chúng ta với các hiện vật như túi, trang phục, trang sức,... Đây là không gian trưng bày những làng nghề truyền thống của người Chăm ở Ninh Thuận. Trong đó phải kể đến làng nghề dệt thổ cẩm ở Mỹ Nghiệp và nghề làm gốm ở Bàu Trúc.

Mỗi năm Bảo tàng tỉnh Khánh Hòa đón tiếp hơn 20.000 lượt khách tham quan trong nước và quốc tế, đồng thời đã xuất bản nhiều công trình nghiên cứu có giá trị như bộ sách nghiên cứu nhiều tập: Khánh Hòa, diện mạo văn hóa một vùng đất, Văn hóa Xóm Cồn, được giới khoa học trong nước đánh giá cao.